أتهم كثيرين الكنيسة القبطية اتهامات عديدة بأنها كانت السبب فى المشكلة التى تسببت فى بعد الكنيسة الأثيوبية عن الأصل ألأساس الذى تنتسب غليه الكنيسة الثيوبية وهو تبعيتها إلى مرقس الرسول أو بالمعنى الكنسى الكرسى المرقسى .
ومن المعروف أن أثيوبيا بشرت منذ العصور الأولى بواسطة الكرسى المرقسى الإسكندرى , وتسلمت أثيوبيا الإيمان بواسطة المطارنة والأساقفة الذين يرسمون بواسطة الكرسى الرسولى تبعاً للتقليد الكنسى المسلم من الرسل أنفسهم بوضع اليد .
وكانت آخر إتفاقية بين الكنيستين القبطية والأثيوبية وستجد هذه الإتفاقية فى حياة البابا كيرلس هو : موافقة الكنيسة القبطية على تكوين مجمع مقدس من ألاباء الأثيوبيين , ومن مسئوليات هذا المجمع أن : يختار أحد ألاباء ويرسلة إلى البطريرك الإسكندرى الجالس على كرسى مرقس الرسول حيث تتم رسامته بطريرك جاثليق على أثيوبيا .
ثم قامت الثورة الشيوعية فى اثيوبيا وقاموا بقتل أعضاء أسرة إمبراطور أثيوبيا هيلاسيلاسى وتولى أمر الحكم فريق من ضباط الجيش لم يحترموا قواعد وأصول التقاليد الكنسية والقوانين والأعراف المتسلمة من الرسل والكتاب المقدس , فقاموا بعزل البطريرك الأثيوبى وقتها وهو الأنبا ثاؤفيلس بدون محاكمة كنسية كما يقتضى النظام الكنسى , ووصل حد الإستهتار بالكنيسة وقوانينها أن أستطاع المجلس الحاكم فى أثيوبيا وحثهم على اختيار وسيامة بطريرك جديد لأثيوبيا فى حياة البطريرك الأنبا ثاؤفيلس والقوانين الكنسية تقتضى إما أن يموت أو يحاكم البطريرك لتنصيب أحد غيره وقد عزل الأنبا ثاؤفيلس عن كرسية بطريقة غير قانونية وغير سليمة .
وفى مساء الأثنين9/ 8/ 1976م وصل وفد رسمى من أثيوبيا وزيارتهم لقداسة البابا شنودة الثالث حاملين معهم رسالة من المجمع المقدس لأثيوبيا ودعوة لقداسة البابا لحضور سيامة بطريرك جديد لأثيوبيا يوم 29/ 8/ 1976م
ولم يرضى البابا شنودة عن هذا الظلم ولا مخالفة القوانين الرسولية المتسلمة من ألاباء ولا يحابى احداً فى غير الحق . فرفض البابا شنودة هذا الوضع الغير سليم , وقام البابا بدعوة ألاباء وطرح هذا الموضوع علي المجمع المقدس للكنيسة القبطية الأرثوذكسية للأنعقاد فى جلسة طارئة لبحث هذا الموضوع .
وفى صباح السبت الموافق 14/ 8/ 1976 م إجتمع الآباء الأجلاء أعضاء المجمع المقدس للكرازة المرقسية فى كنيسة السيدة العذراء والأنبا بيشوى أسفل الكاتدرائية بدير الأنبا رويس برئاسة البابا شنودة لدراسة هذا الموضوع وقد اجتمع الاباء امام الهيكل والمذبح حتى يكون قرارهم داخل فيه العناية أفلهية وقد حضر هذا افجتماع الخطير 27 عضوا على الرغم من السرعة المفاجئة التى تم فيها دعوة الآباء :-
أولا : عزل البطريرك الأثيوبى الأنبا ثاؤفيلس لم يتم بطريقة سليمة , إذ لم يحاكم أمام مجمع مقدس محاكمة قانونية , توجه فيها إتهامات محدده ويعطى الفرصة للدفاع عن نفسه وفقاً لقوانين كنسية والتقاليد , وهذا أمر غير إنسانى يؤسفنا إنه تكرر فى أثيوبيا مع آخرين .
ثانياً : لا يجوز سيامة بطريرك لأثيوبيا فى حالة وجود بطريرك لها ما يزال حياً ولم يجرد من رتبته الكهنوتية بطريقة سليمة وذاك أيضاً وفقاً لقوانين الكنيسة وتقاليدها .
ثالثا : الإجراءات التى تمت حتى الآن لسيامة بطريرك جديد لثيوبيا مخالفة للبروتوكول المبرم 1959 م بين الكنيسة القبطية الأرثوذكسية الأم والكنيسة فى أثيوبيا , كما كسر هذا البروتوكول فى نقط كثيرة وفى أكثر مناسبة.
رابعاً : أرسلت الكنيسة فى أثيوبيا دعوة للكنيسة القبطية الأرثوذكسية دون أن يرسل معها أى قرار من المجمع المقدس فى أثيوبيا يختص بالأنبا ثاؤفيلس البطريرك الأثيوبى الذى عزلته السلطات الأثيوبية.
لذلك قرر المجمع المقدس للكنيسة القبطية
عدم الإشتراك فى هذه السيامة لأنها بهذا الوضع تعتبر مخالفة للقوانين والتقاليد الكنسية بالإضافة إلى مخالفتها للبروتوكول المبرم بين الكنيسة القبطية الأرثوذكسية والكنيسة الثيوبية سنة 1959 م
ويوصى المجمع المقدس للكنيسة ألثيوبية بتصحيح الوضع والإلتزام بقوانين الكنيسة وتقاليدها .. مع إبلاغ القرار رسمياً للكنيسة ألثيوبية والكنائس الأرثوذكسية ولمجلس الكنائس الأفريقية , مع اصدار بيان تفصيلى بهذا الشأن وإعلانه .
وبدلاً من أن يرجع القائمون على الأمور فى أثيوبيا إلى طريق الحق وجادة الصواب بعد هذا القرار والتوصية الحكيمة للمجمع المقدس لكنيستنا الأم تمادى المسئولون فى اثيوبيا فى الخطأ ورفضوا الرجوع للتقاليد الكنسية السليمة وأرسل الأنبا يوأنس النائب البطريركى للكنيسة فى أثيوبيا برقية إلى قداسة البابا شنودة الثالث يذكر فيها إنه قد وصله قرار المجمع المقدس .. وأن المجمع المقدس الأثيوبى : " قد وافق على عزل ألنبا ثاؤفيلس .. وألخبار كاملة ستصل عن طريق السفارة الأثيوبية , ويطلب قداسة البابا الحضور : " للأشتراك فى سيامة البطريرك الجديد "
ورفض الطل برسامة بطريرك جديد للأسباب التالية :-
1 - لم تصل إلى قداسة البابا شنودة الثالث أية أنباء أو تفاصيل من سفارة اثيوبيا بالقاهرة وذلك على الرغم من أن قداسة البابا قد أرسل المتنيح الأنبا صموئيل إلى اثيوبيا ( وكان يصحبه السكرتير العام لمجلس كنائس كل أفريقيا) لمناقشة موضوع عزل البطريرك , وهناك تلقوا وعوداً بإرسال وفد إلى القاهرة ومعه الوثائق لمقابلة البابا ولم يتم هذا بل وصل وفد يحمل دعوة للأشتراك فى السيامة الجديدة دون أن يحمل تفصيلات عن وضع البطريرك الأثوبى الأنبا ثاوفيلس .
2 - إن عبارة " الإشتراك فى السيامة " والتى تضمنتها الدعوة هى عبارة غير موفقة لأن المفروض هو أن يقوم قداسة البابا الإسكندرى بسيامة بطريرك أثيوبيا , وأن يشترك مع قداسته من يشترك من أساقفة الكرازة المرقسية أثيوبيين واقباطاً .
3 - العبارة التى وصلت عن موافقة المجمع المقدس على عزل البطريرك ثاوفيلس تدل على أن عمل المجمع الأثيوبى هو مجرد الموافقة وليس إصدار القرار , كما تدل على أن البطريرك ثاوفيلس قد عزل بدون محاكمة قانونية أمام المجمع المقدس ودون إعطائه فرصة للدفاع عن نفسه .
وقد علقت هيئة الإذاعة الريطانية b.b.c فى نشرة اخبار العالم العربى فقالت :
إن البابا شنودة الثالث وهو رأس الكنيسة القبطية المصرية الوطنية رفض الإشتراك فىتنصيب البطريرك الأثيوبى الجديد , لأن الكنيسة الحبشية أنفردت يتعين وإختيار البطريرك الجديد دون إستشارة البابا شنودة الثالث , ويعتبر هذا الإجراء ضد قوانين الكنيسة القبطية التى تعتبر أقدم كنيسة مسيحية فى الشرق وفى قارة افريقيا ..
وإستطردت الإذاعة البريطانية تقول : إنه كان هناك إتفاق سنة 1959 م قد ابرم بين الكنيستين , بمقتضاة لا تختار الكنيسة ألثيوبية بطريركاً جديداً بدون إستشارة الكنيسة القبطية المصرية , ولهذا رفض البابا شنودة الإشتراك فى تنصيب البطريرك الجديد .
رأى البابا شنودة الثالث عن أسباب أنفصال الكنيسة الأثيوبية
البابا شنودة في حوار لـ الأهرام بتاريخ الخميس 12 سبتمبر 2002 م لسنة 126 - العدد 42283
فى تحقيق أجراة اجري الحوار في تورنتو: جمـال زايـدة قال : " ان كانت الكنيسة الأثيوبية استقلت عن الكنيسة القبطية الارثوذكسية فهذا له أسباب كثيرة لعل من بين أسبابها اللغة, حيث يستخدمون اللغة الأمهرية, وفي القداس يستخدمون لغة الجيز ويريدون قيادات دينية يجيدون لغتهم, ومسألة الاستقلال في المجال السياسي كانت واسعة جدا في إفريقيا وعلي المجال الديني كانت واسعة جدا في أوروبا فمثلا: كرسي القسطنطينية في آسيا الصغري ويرأسه البطريرك المسكوني كانت تتبعه كنيسة رومانيا إلا أنها استقلت, وكنيسة روسيا استقلت, وكنائس الصرب والبلغار أنها استقلت ايضا.. اي ان الظروف العالمية تتدخل في هذا.. فدع ذلك علي جانب."